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Paula A Jaimes
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InpactorDB: A Classified Lineage-Level Plant LTR Retrotransposon Reference Library for Free-Alignment Methods Based on Machine Learning
Acceso Abierto
Fuente: Genes
Simon Orozco Arias
Paula A Jaimes
Mariana S Candamil Cortés
Cristian Felipe Jiménez Varón
Reinel Tabares Soto
Gustavo Adolfo Isaza Echeverry
Romain Guyot
Temas:
Retrotransposon
Genome
Long terminal repeat
Biology
Lineage (genetic)
Computational biology
Interspersed repeat
Mobile genetic elements
Function (biology)
Genetics
Annotation
Identification (biology)
Computer science
Human genome
Gene
Transposable element
Botany
Publicado: 2021
Citaciones:
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Artículo de revista
K-mer-based machine learning method to classify LTR-retrotransposons in plant genomes
Acceso Abierto
Fuente: PeerJ
Simon Orozco Arias
Mariana S Candamil Cortés
Paula A Jaimes
Johan Sebastian Piña Duran
Reinel Tabares Soto
Romain Guyot
Gustavo Adolfo Isaza Echeverry
Temas:
Retrotransposon
Genome
Computer science
Computational biology
Biology
Artificial intelligence
Machine learning
Sequence (biology)
Genetics
Transposable element
Gene
Publicado: 2021
Citaciones:
18
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Artículo de revista
Inpactor2: a software based on deep learning to identify and classify LTR-retrotransposons in plant genomes
Acceso Abierto
Fuente: Briefings in Bioinformatics
Simon Orozco Arias
Luis Humberto Lopez Murillo
Mariana S Candamil Cortés
Maradey Arias
Paula A Jaimes
Alexandre Rossi Paschoal
Reinel Tabares Soto
Gustavo Adolfo Isaza Echeverry
Romain Guyot
Temas:
Retrotransposon
Genome
Identification (biology)
Computer science
Software
Computational biology
Artificial intelligence
Biology
Machine learning
Transposable element
Genetics
Gene
Programming language
Botany
Publicado: 2022
Citaciones:
18
Altmétricas:
0
Artículo de revista
Automatic curation of LTR retrotransposon libraries from plant genomes through machine learning
Acceso Abierto
Fuente: Berichte aus der medizinischen Informatik und Bioinformatik/Journal of integrative bioinformatics
Simon Orozco Arias
Mariana S Candamil Cortés
Paula A Jaimes
Estiven Valencia Castrillon
Reinel Tabares Soto
Gustavo Adolfo Isaza Echeverry
Romain Guyot
Temas:
Transposable element
Retrotransposon
Genome
Computer science
Computational biology
False positive paradox
Mobile genetic elements
Biology
Barcode
Genetics
Artificial intelligence
Gene
Operating system
Publicado: 2022
Citaciones:
3
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Artículo de revista
SENMAP: A Convolutional Neural Network Architecture for Curation of LTR-RT Libraries from Plant Genomes
Acceso Cerrado
Simon Orozco Arias
Mariana S Candamil Cortés
Estiven Valencia Castrillon
Paula A Jaimes
Nicolás Tobón Orozco
Maradey Arias Mendoza
Reinel Tabares Soto
Romain Guyot
Gustavo Adolfo Isaza Echeverry
Temas:
Retrotransposon
Transposable element
Genome
Convolutional neural network
Function (biology)
Computational biology
Biology
Identification (biology)
Long terminal repeat
Mobile genetic elements
Interspersed repeat
Computer science
Genetics
Artificial intelligence
Human genome
Gene
Botany
Publicado: 2021
Citaciones:
2
Altmétricas:
0
Artículo de revista
Composition and Diversity of LTR Retrotransposons in the Coffee Leaf Rust Genome (Hemileia vastatrix)
Acceso Abierto
Fuente: Agronomy
Simon Orozco Arias
Mariana S Candamil Cortés
Paula A Jaimes
Marco Aurelio Cristancho
Reinel Tabares Soto
Romain Guyot
Temas:
Biology
Coffea arabica
Retrotransposon
Genome
Genetic diversity
Transposable element
Genetics
Genome size
Coffea canephora
Rust (programming language)
Botany
Gene
Population
Demography
Sociology
Computer science
Programming language
Publicado: 2022
Citaciones:
2
Altmétricas:
0
Artículo de revista
Deep Neural Network to Curate LTR Retrotransposon Libraries from Plant Genomes
Acceso Cerrado
Fuente: Lecture notes in networks and systems
Simon Orozco Arias
Mariana S Candamil Cortés
Paula A Jaimes
Estiven Valencia Castrillon
Reinel Tabares Soto
Romain Guyot
Gustavo Adolfo Isaza Echeverry
Temas:
Retrotransposon
Genome
Transposable element
Long terminal repeat
Mobile genetic elements
Computational biology
Biology
Function (biology)
Generalization
Genetics
Computer science
Gene
Mathematics
Mathematical analysis
Publicado: 2021
Citaciones:
1
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Capítulo de libro
Negative instances for detect LTR-Retrotransposons using Machine Learning
Acceso Abierto
Fuente: Zenodo (CERN European Organization for Nuclear Research)
Simon Orozco Arias
Mariana S Candamil Cortés
Paula A Jaimes
Johan Sebastian Piña Duran
Reinel Tabares Soto
Romain Guyot
Gustavo Adolfo Isaza Echeverry
Temas:
Retrotransposon
Computer science
Computational biology
Artificial intelligence
Biology
Genetics
Genome
Transposable element
Gene
Publicado: 2021
Citaciones:
0
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Conjunto de datos
Peer Review #2 of "K-mer-based machine learning method to classify LTR-retrotransposons in plant genomes (v0.1)"
Acceso Abierto
Simon Orozco Arias
Mariana S Candamil Cortés
Paula A Jaimes
Johan Sebastian Piña Duran
Reinel Tabares Soto
Romain Guyot
Gustavo Adolfo Isaza Echeverry
Johan Sebastian Piña Duran
Temas:
Retrotransposon
Computer science
Genome
Artificial intelligence
Biology
Computational biology
Machine learning
Genetics
Transposable element
Gene
Publicado: 2021
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0
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Artículo de revista
PucciDB: A LTR-retrotransposon library of Pucciniales
Acceso Abierto
Fuente: Zenodo (CERN European Organization for Nuclear Research)
Simon Orozco Arias
Mariana S Candamil Cortés
Paula A Jaimes
Marco Aurelio Cristancho
Reinel Tabares Soto
Romain Guyot
Temas:
Retrotransposon
Biology
Genetics
Transposable element
Genome
Gene
Publicado: 2021
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