RESUMEN: Esta tesis se compone de varios capítulos. El primer capítulo describe los objetivos y el racional científico para la realización de este trabajo de investigación. El segundo capítulo comprende una revisión bibliográfica del virus de influenza tipo A (IAV), su impacto e importancia para la salud animal y la salud pública. Este capítulo permite también comprender la importancia de la vigilancia de enfermedades en el sector porcino. El tercer capítulo se detallan los resultados de un estudio observacional sobre el uso de fluidos orales porcinos para la detección molecular y monitoreo de IAV en grupos de cerdos en granjas comerciales basada en una técnica de muestreo a nivel poblacional de fácil aplicación, costo efectiva y eficiente para la vigilancia de enfermedades virales en cerdos. El cuarto capítulo corresponde a un análisis de la estructura, medidas de bioseguridad (MB) y prácticas de manejo (PM) en granjas porcinas y su relación con infección por IAV. Esta sección muestra los resultados de diferentes análisis estadísticos multivariados aplicados en datos de una encuesta obtenidos de 176 granjas porcinas con inventario mayor a 100 hembras de cría, para identificar patrones de agrupamiento de estas granjas acorde a sus características y establecer su asociación con la detección de IAV. En el quinto capítulo, se muestran los resultados de la caracterización filogenética a nivel poblacional de un grupo seleccionado de 132 aislados virales obtenidos de este trabajo. Estos análisis se realizaron con el fin de esclarecer un poco más la epidemiologia molecular y diversidad genética de los IAV en porcinos de Colombia En el último capítulo (sexto) se resaltan los principales hallazgos de este trabajo de investigación y se relaciona la información suplementaria y anexos.