El presente trabajo analiza la jurisprudencial de la Corte Constitucional, relacionada con los criterios a tener en cuenta en la resolución de conflictos de competencia entre la jurisdicción ordinaria y la jurisdicción especial indígena, en casos de menores indígenas víctimas de delitos sexuales, abordando la metodología del análisis de la jurisprudencia para concluir que el aspecto institucional, referido a la protección de los derechos de las víctimas, es un criterio fundamental para determinar la competencia, la cual deberá radicarse en cabeza de las autoridades indígenas cuando estas puedan garantizar la defensa de sus derechos.