La obesidad es una problemática de salud mundial, la cual está relacionada con los estilos de vida no saludables como la inactividad física, el sedentarismo, malos hábitos alimenticios y otros factores que afectan esta patología. Este estudio tuvo como objetivo determinar el efecto de un programa de entrenamientos funcionales en el medio acuático en la disminución de los niveles de obesidad de los pacientes de la Clínica de Rehabilitación de Guadalajara de Buga, donde participaron un total de 20 personas, entre los 40 y 60 años, distribuidos en dos grupos, experimental (n =10) y control (n=10). Materiales y métodos: Para la recolección de los datos se usó la medición del índice de masa corporal (IMC), la circunferencia de la cintura (CC) y el índice cintura-estatura (ICE), tanto al inicio como al final de la intervención. Se desarrolló el programa de entrenamiento funcional de 16 semanas, que implicaba el uso de piscina y otros elementos para la actividad física en el agua. Resultados: se determinó la existencia de diferencias estadísticamente significativas entre los datos encontrados al comparar los valores del grupo control y el grupo experimental. Los hallazgos de las pruebas sustentan la anterior afirmación así: IMC (p = .005), para el CC (p = .022) y para el ICE (p = .010). Conclusión: Se puede afirmar que el programa de entrenamiento en el medio acuático logra una mejoría en la capacidad funcional, mostrando que la metodología adoptada puede ser una estrategia importante para el tratamiento de la obesidad.