La microalga Parachlorella kessleri tiene un alto porcentaje de ácidos grasos insaturados, especialmente omega-3 (n-3). Sin embargo, su aprovechamiento está limitado debido a su naturaleza, ya que está expuesto a la oxidación por factores externos. Por lo tanto, se ve necesario el uso de una alternativa tecnológica que proteja el aceite de la microalga. El objetivo de este estudio fue estandarizar el proceso de microencapsulación del aceite de la microalga Parachlorella kessleri utilizando maltodextrina y goma arábiga como materiales de pared mediante el proceso de secado por aspersión con el equipo Spray dryer modelo SD-Basic. Se realizó un diseño experimental multifactorial cuyas variables independientes fueron la temperatura de entrada y la velocidad de flujo. Las variables de respuesta fueron el porcentaje de rendimiento, tamaño de partícula, porcentaje de humedad y eficiencia de encapsulación. Los parámetros de operación del equipo que arrojaron los mejores resultados fueron 130 ºC de temperatura de entrada y 5 mL/min de velocidad de flujo. Los resultados experimentales de porcentaje de rendimiento, tamaño de partícula, porcentaje de humedad y porcentaje de eficiencia de encapsulación fueron acordes a los encontrados en resultados obtenidos por otros estudios similares.