Se analizó la composición del zooplancton en diferentes intensidades de producción piscícola y las entradas de los ríos Magdalena y Yaguará en el Embalse de Betania (Huila, Colombia). Las muestras se colectaron entre septiembre y noviembre de 2007 y febrero de 2008. Se efectuaron muestreos cualitativos superficiales con malla de 63 um y cuantitativas integrando 10 L de agua filtrada. Se identificaron un total de 35 especies (27 rotíferos, 5 cladóceros, 2 copépodos y una larva del Orden Díptera). La abundancia de zooplancton cambió de acuerdo a la zona de producción, pero la estructura fue similar en más de un 70% de especies en todas las estaciones evidenciando la selectividad de estas por los peces. Se encontró una relación inversa significativa (P<0,05) con los dinoflagelados y la abundancia total de zooplancton, la abundancia total de copépodos y la abundancia total de rotíferos en el cual mientras aumentaba la abundancia de los dinoflagelados disminuía la de estos grupos posiblemente por el efecto tóxico que tienen. Las clorófitas mostraron una relación directa significativa (P<0,05) con los grupos mencionados anteriormente. Según el test de Kruskal-Wallis no se encontraron diferencias significativas entre estaciones. La zona media de producción piscícola fue la más estable en cuanto a la abundancia de especies y la más inestable fue la estación Caraguaja.