La presente investigación, enmarcada en la línea de investigación de Educación Inclusiva y Didácticas flexibles de la Maestría en Educación, tiene como propósito interpretar las experiencias de los estudiantes indígenas durante el tránsito académico en la Universidad Tecnológica de Pereira. Para ello se opta por un estudio cualitativo de tipo análisis del discurso, con alcance interpretativo a partir de las voces de los estudiantes, en contraste con los lineamientos institucionales y, de manera complementaria, con un análisis cuantitativo de las percepciones de 91 docentes en relación con el objeto de estudio. La unidad de trabajo está compuesta por ocho estudiantes de cuatro pueblos indígenas colombianos, pertenecientes a diferentes programas de la Universidad. El análisis se centra en las evocaciones de las diferentes experiencias de los estudiantes en sus procesos de formación profesional. Los resultados develan que en baja medida se apropian rutas de enseñanza y aprendizaje que tenga en cuenta la interculturalidad en el aula de clases, pese a los esfuerzos y avances que desde los lineamientos institucionales se llevan a cabo para contribuir al tránsito de los estudiantes indígenas por la educación superior, iniciativas que deben empezar a permear en los currículos. Así mismo, queda en evidencia que sus experiencias se han visto permeadas no solo por situaciones positivas, como los encuentros interculturales que la universidad promueve, sino por situaciones negativas reflejadas en violencia simbólica, marginación y estigmatización por parte de compañeros y docentes, actitudes que se convierten en barreras durante su tránsito por la educación superior.