Introducción: Los defectos congénitos son un grupo de alteraciones con gran heterogeneidad clínica y etiológica, tienen una prevalencia en países en vía de desarrollo que puede llegar al 7%. En Colombia 17 % de las muertes en niños menores de 1 año tienen su origen en las anomalías congénitas. Objetivo: Determinar los factores de riesgo asociados a anomalías congénitas en neonatos del Departamento del Cauca atendidos en un Hospital de alta complejidad. Métodos: Estudio de casos y controles en un Hospital de alta complejidad, Universitario San José, centro de referencia para el Departamento del Cauca-Colombia con una muestra de 174 (relación 1:1), se tomaron casos incidentes, durante un periodo de 12 meses. Se aplicó el formato validado por el Estudio Colaborativo Latinoamericano de Malformaciones Congénitas. Resultados: Variables como la educación de la madre OR de 2.40; IC 95% (1.23-4.68), educación del padre OR de 2.93 IC 95% (1.44-5.93), antecedente de cesárea OR 3.3 IC 95% (1.76-6.42), hemorragia del primer trimestre OR 6.15 IC 95% (1.32-28.63), antecedente de malformación OR :05; IC 95% (1.08-15.07) fueron encontradas estadísticamente significativas. Las anomalías congénitas más frecuentes fueron las del sistema cardiovascular (40.23%,) renal (24.14%) y sistema nervioso central (13.79%). Conclusión: Educación parental, antecedentes de cesárea previa, malformaciones y hemorragia en el primer trimestre fueron las variables estadísticamente significativas. No se encontró asociación entre las anomalías congénitas y el antecedente de consanguinidad o endogamia.