Objetivo: Determinar la prevalencia y características de las infecciones por Staphylococcus aureus meticilino resistente adquirido en la comunidad (SAMRAC) en dos hospitales de Popayán, Colombia. Materiales y métodos: Se diseñó un estudio descriptivo de corte trasversal, llevado a cabo en dos instituciones hospitalarias de segundo y tercer nivel de atención. Se incluyeron todos los niños entre 1 mes de edad a 14 años que consultaron a los servicios de urgencias por infecciones sugestivas de ser causadas por Staphylococcus aureus (SA) entre el 1 de septiembre de 2009 al 31 de agosto de 2010. Resultados: Consultaron 205 niños con infecciones de posible etiología estafilocócica. 89 (43%) cumplieron todos los criterios de inclusión. De éstos, 62 (69,7%) tuvieron cultivos positivos para SA y de ellos 28 (45,1%) fueron SAMR-AC. Un tercio de los pacientes presentaron el antecedente de uso de antibióticos en los dos últimos meses, trauma en las últimas tres semanas y hospitalización en el año previo como factores de riesgo. No hubo diferencias significativas en la prevalencia de SAMRAC y factores de riesgo entre los dos hospitales. Conclusiones: La prevalencia de infecciones por SAMR-AC es alta y similar a estudios nacionales e internacionales.