Objetivo: Establecer la prevalencia y la asociación de algunos factores con la presentación de MBPN (Muy Bajo Peso al Nacer, menor a 1.500 gramos) y EBPN (Extremo Bajo Peso al Nacer, menor a 1.000 gramos) en el Hospital Universitario San José de Popayán, Colombia. Materiales y métodos: Estudio de casos y controles, que reanalizó los datos recolectados de forma prospectiva entre el 15 de noviembre del 2005 y el 15 de noviembre del 2006. Los casos se clasificaron en categorías así: EBPN y MBPN. Los recién nacidos con peso al nacer igual o mayor a 2.500 gramos constituyeron los controles. Para el análisis se empleó el paquete estadístico R. Se calcularon las prevalencias de las dos categorías de los casos y su intervalo de confianza (IC95%). El nivel de significancia prefijado para explorar las asociaciones fue de p<0,05. Las asociaciones fueron ajustadas mediante regresión logística. Resultados: La prevalencia de MBPN fue de 2,83% (IC 95%: 2,31-3,32) y la de EBPN fue de 1,91% (IC 95%: 1,89-1,92). 57% de las madres de recién nacidos con EBPN tenían menos de 20 años. 100 % y 96,8% de las madres de recién nacidos con EBPN y MBPN pertenecieron a estrato socioeconómico bajo, respectivamente. 66,7% de las madres de recién nacidos con EBPN no tenían ninguna vinculación al sistema de salud. Tras el análisis multivariante con regresión logística se encontraron como factores de riesgo para EBPN: hemorragia anteparto: OR = 6,51 (IC 95%: 1,44–29,49), embarazo múltiple: OR = 13,71 (IC 95%: 1,96-95,61), ruptura prematura de membranas ovulares (RPMO): OR = 6,40 (IC 95%: 1,92 – 21,38), haber realizado menos de 3 controles prenatales (CPN): OR = 7,92 (IC 95%: 2,05 – 30,57); y para MBPN: anemia materna: OR = 3,86 (IC 95%: 1,32 – 11,23), embarazo múltiple: OR = 15,05 (IC 95%: 4,72 – 47,98). Conclusion: La prevalencia encontrada de MBPN y EBPN es similar a la reportada en los escasos estudios encontrados. Dentro de los factores de riesgo encontrados para el MBPN y EBPN existen factores modificables como la anemia materna y un control prenatal adecuado.