Objetivo: Analizar el grado de diferenciación que existe entre los estudiantes de las universidades colombianas acreditadas y no acreditadas en relación con su rendimiento en las pruebas censales SABER PRO. Método: Se presentó una propuesta para analizar los desempeños de los estudiantes colombianos próximos a egresar de la universidad y que presentaron la prueba de Estado en dos períodos consecutivos. Se realizó un diseño longitudinal con todas las universidades colombianas (acreditadas y no acreditadas) con el fin de verificar la hipótesis. Resultados: En la primera parte, el estudio empleó herramientas de estadística descriptiva y en la segunda se desarrolló un modelo jerárquico lineal para cada componente de análisis (Competencias Ciudadanas, Comunicación Escrita, inglés, Lectura Crítica y Razonamiento Cuantitativo). Finalmente, al realizar la prueba en el cambio de -2LL, se apreció que todos estos valores generaron un p correspondiente a 0,000, por lo tanto, el factor del efecto fue no nulo. Discusión y conclusiones: Se evidenció que el estatus de la institución (acreditada o no acreditada) tuvo un efecto en los rendimientos de los estudiantes en SABER PRO, aspecto que fue afectado de igual forma por variables extrínsecas a la universidad, tales como el contexto social individual e institucional