Las especies patógenas del género Borrelia son agentes zoonóticos que causan enfermedades infecciosas emergentes y reemergentes en todo el mundo y constituyen una amenaza para la salud pública. el objetivo de este trabajo fue estudiar la eco-epidemiológico de infección por Borrelia spp. en animales de compañía, domésticos, silvestres y garrapatas de algunas áreas del caribe colombiano. Metodología. Se realizó un estudio es descriptivo, prospectivo y retrospectivo de corte transversal. Se realizaron salidas de campo para la captura de garrapatas y toma de muestras de animales en distintas áreas del Caribe Colombiano. Las muestras se analizaron mediante técnicas de PCR, secuenciación Sanger y NGS. Resultados. En este estudio se obtuvo resultados positivos para diferentes especies del género Borrelia en murciélagos, zarigüeyas, roedores, bovinos y garrapatas. Adicionalmente, este estudio demostró una diversidad de animales domésticos y silvestres como fuente alimentaria de Ornithodoros puertoricensis, vector implicado en transmisión de Borrelia en humanos. El estudio proporciona la primera evidencia molecular de Borrelia spp. en murciélagos, zarigüeyas, roedores, bovinos y garrapatas en el departamento de Córdoba. Se recomienda realizar más estudios para aislar y secuenciar genomas de Borrelia spp. en murciélagos y roedores, y considerar la Borreliosis bovina en el diagnóstico veterinario.