El objetivo de esta investigación fue determinar el perfil toxicológico de cianobacterias productoras de floraciones en las ciénagas de San Sebastián y Momil del Complejo Cenagoso del Bajo Sinú (CCBS), Colombia, su estado trófico, concentración de microcistina y sus variantes en el ambiente y en el cultivo de laboratorio, de las especies más abundantes. Para ello, se identificaron y cuantificaron las cianobacterias productoras de toxinas y la concentración intracelular de Microcistina (MC) de 12 muestras de agua. En las dos estaciones estudiadas se identificaron 14 especies de cianobacterias, predominando Aphanocapsa delicatissima, Microcistys wessenbergui, Dolichospermun circinalis y Oscillatoria limosa. La mayor densidad (2,42x10^9 cél.mL-1) se determinó en San Sebastián en la temporada de aguas bajas (abril) y la menor densidad (2,64x10^8 cél.mL-1) en aguas altas (noviembre). En Momil, la mayor densidad se encontró en aguas bajas (abril) con (2.69x10^10 cél.mL-1), Se calculó el Índice de Estado Trófico (IST), siendo 111,04 en San Sebastián y 109,55 en Momil, correspondientes a ecosistemas hipertróficos, lo que explica que constituyen ambientes propicios para la proliferación de cianobacterias potencialmente tóxicas.