El crecimiento de las cianobacterias en ambientes acuáticos está controlado por una variedad de factores ambientales, en cultivo es necesario condiciones adecuadas de nutrientes, temperatura, pH e iluminación. El conocimiento de sus características fisiológicas y bioquímicas puede ayudar no sólo a determinar su potencial biotecnológico, sino también a determinar e interpretar de manera más eficiente los resultados adquiridos del crecimiento de estos microorganismos en su ambiente natural. El objetivo de esta investigación fue identificar y cuantificar las cianobacterias potencialmente toxicas del Complejo Cenagoso del Bajo Sinú, Córdoba (CCBS) Colombia, realizandose 6 muestreos en periodos hidrológicos de aguas bajas y aguas altas, reportándose un total de 14 especies, distribuidas en 11 géneros, pertenecientes a 8 familias las se encontraron Merismopediaceae, Chroococcaceae, Microcystaceae, Borziaceae, Oscillatoriaceae, Phormidiaceae, Nostocaceae, Synechococcaceae ubicadas en 3 ordenes, siendo las especies Microcystis aureginosa, Microcisty wessenberguii, Oscillatoria limosa, Aphanocapsa Delicatissima y Dolichospermun circinalis las mas representativas.