La tipificación molecular de cepas bacterianas es una parte importante de la vigilancia epidemiológica y el control de las infecciones hospitalarias y adquiridas en comunidad. Para el caso de Staphylococcus aureus resistentes a meticilina (SARM), existen múltiples métodos de tipificación molecular, con metodologías que van desde aquellas, basadas en técnicas de bandeo hasta las de comparación de secuencia, de esta forma se ha podido demostrar su alta variabilidad genética. Estas metodologías han sido utilizadas en estudios epidemiológicos con el fin de entender el comportamiento de las infecciones por SARM y establecer medidas de control de la infección y diseminación. Por lo anterior, en este trabajo se seleccionaron tres técnicas de tipificación molecular: la MLST, la tipificación del gen spa y SCCmec como herramientas para la identificación de clones de SARM aisladas en pacientes pediátricos del Hospital Universitario de Santander. Entre los aislados se identificaron 8STs diferentes, ST8 fue el más frecuente (34/53) seguido por ST5 (9/53). Los aislamientos fueron distribuídos en un grupo con ST8 como genotipo fundador, ST254, ST552 y ST931 y 4 fisingletonsfl. La identificación de diferentes STs entre los aislamientos refleja la alta variabilidad genética que presenta S. aureus. La caracterización molecular de los aislamiento de SARM permitió la detección de un clon predominante el ST8-MRSA-IV relacionado genéticamente con el clon USA-300 y en menor proporción los clones: ST5-MRSA-IV y ST5-MRSA-I (clon Pediátrico y Cordobés/Chileno respectivamente), así como clones menores entre la población de SARM estudiada. La identificación de los clones de SARM realizada en este estudio constituye el primer paso para la comprensión de la epidemiología molecular de las infecciones de SARM en nuestra región.