El Lupus Eritematoso Sistémico (LES) y la Artritis Reumatoide (AR) son enfermedades autoinmunes crónicas, de alto costo, afectan con mayor frecuencia a las mujeres y generan una discapacidad progresiva en los pacientes. En Colombia, se presentan con una prevalencia de 0,088% y 0,52% respectivamente. Estas enfermedades son multifactoriales ya que pueden generarse tanto por factores genéticos como ambientales por lo cual actualmente el tratamiento está dirigido a evitar el progreso de la enfermedad. En los últimos años se han descrito varios genes relacionados con el fenotipo de estas dos enfermedades, asociados a susceptibilidad para desarrollarlas. Adicionalmente, también se ha descrito que algunos de estos pacientes desarrollan dislipidemias y presentan un riesgo incrementado de aterosclerosis. Aunque estos procesos podrían estar relacionados con el tratamiento con corticoides o al proceso inflamatorio propio de la enfermedad, aún existe la posibilidad de que pueda estar asociados a factores genéticos. El propósito de este estudio fue identificar variantes en genes asociados a autoinmunidad y a Hipercolesterolemia Familiar (HF) en mujeres con diagnóstico de Lupus Eritematoso Sistémico o Artritis Reumatoide. Se incluyeron en el estudio 45 mujeres con diagnóstico clínico de alguna de estas dos enfermedades y 31 controles sanos. En los individuos afectados se realizó análisis de exoma clínico mediante secuenciación masiva paralela y se seleccionaron variantes de interés en genes asociados a procesos autoinmunes y genes asociados a Hipercolesterolemia Familiar. Las variantes de interés fueron confirmadas mediante secuenciación Sanger y validadas en la población de controles sanos. En algunos casos relevantes, se realizó análisis de segregación familiar. En 7 individuos de la población de estudio se identificaron variantes asociadas a los genes TNFRSF13B, IL6, DNASE1, SAMHD1, SLC22A4 y TLR5 los cuales están asociados con autoinmunidad y podrían estar relacionados con la patología. Así mismo, se identificaron 5 variantes probablemente patogénicas en los genes APOB y APOE en estado heterocigoto. Variantes en estos genes han sido asociadas al fenotipo de HF. No se identificaron variantes patogénicas o probablemente patogénicas en los genes LDLR, PSCK9, ni LDLRAP1/ARH.