Antecedentes: La presencia de bacterias periodontopatógenas se ha relacionado con tumores malignos en cavidad oral y faríngeos, debido a su capacidad para inducir inflamación crónica. Se ha observado que sus toxinas pueden promover el ciclo celular y conducen a un crecimiento descontrolado, además de su capacidad de facilitar la tumorigénesis al convertir el etanol en acetaldehído, que es su derivado cancerígeno, a proporciones capaces de inducir mutaciones y mitosis del epitelio escamoso. Metodología: Presentamos por primera vez un estudio de casos y controles que evidenció cuantitativamente por medio de qPCR Porphyromonas gingivalis, Fusobacterium nucleatum, Tannerella forsythia y Prevotella intermedia en paciente con y sin carcinoma escamocelular orofaríngeo. Resultados: Se evidenció una asociación sólida en los casos y controles estadísticamente significativa respecto a Prevotella intermedia OR: 15.00 y Porphyromonas gingivalis OR:11.00, sin embargo, al análisis multivariado ajustado a la presencia de las diferentes bacterias evaluadas y ante las diferentes variables de confusión, no demostró diferencias estadísticamente significativas para la presencia de cáncer orofaríngeo. Conclusiones: Prevotella intermedia fue el microorganismo más relevante en los análisis bivariado y multivariado en asociación al cáncer orofaríngeo. Es necesario estandarizar un modelo metodológico y de muestreo para una eficiente cuantificación