El presente estudio propone la monitorización de metabolitos de drogas de abuso mediante el uso de muestreadores pasivos en sistemas de agua. Inicialmente se determinaron cuatro metabolitos iónicos positivos de interés según las encuestas nacionales, luego se implementó el muestreo compuesto y el muestreo pasivo utilizando el equipo de muestreo pasivo de flujo continuo con dos tipos de sorbentes en su interior, Empore Disk y Gerstel Twister. Se determinaron dos sitios de estudio al inicio y al final de la cuenca media del río Bogotá, después de 4 días se retiraron los sorbentes para que fueran desorbidos y analizados con la metodología UHPLC-MS en laboratorio. Para los muestreos compuestos los resultados estuvieron por debajo del FCCP del método cromatográfico y para los muestreos pasivos se encontraron picos de benzoilecgonina (21427,3 pg mL-1), metanfetamina (67101,5 pg mL-1), éxtasis (225844,8 pg mL-1) y metadona (15908,4 pg mL-1), lo que permite postular el muestreo pasivo como una alternativa al muestreo compuesto en el monitoreo de metabolitos.