Antecedentes: La infección por el SARS-CoV-2 ha generado una pandemia desde diciembre de 2019, en Wuhan, China. Los pacientes que presentaron patologías de base como la diabetes y enfermedad cardiovascular mostraron una tendencia a mayor morbilidad y mortalidad al ser infectados. Objetivo: Describir la condición periodontal en pacientes con diabetes y pacientes con enfermedad cardiovascular de la base de datos de historias clínicas suministradas por la EPS Compensar que presentaron infección por SARS-CoV-2 y su relación con la morbilidad por la COVID-19. Materiales y métodos: Estudio observacional analítico tipo cohorte de historias clínicas médicas y odontológicas, de pacientes con diagnóstico de COVID-19, diabetes mellitus, patología cardiovascular y enfermedades periodontales, en el periodo comprendido desde el año 2020 hasta 2022 de la base de datos de la EPS Compensar. Resultados: Se analizaron, 7 bases de datos en donde partiendo de una base de 9563 registros se fueron combinando y filtrando hasta llegar a una base de datos de 16 registros. Pacientes con COVID 19 eran del género femenino y prevalentemente del grupo etáreo entre 50 y 59 años. Pacientes con COVID 19 presentaron más hipertensión y diabetes. La condición periodontal más prevalente fue la periodontitis en aquellos pacientes diagnosticados por periodoncistas. Conclusión: Pacientes con COVID 19 eran más hipertensos y diabéticos. La periodontitis diagnosticada por periodoncistas fue la enfermedad periodontal más prevalente en el grupo de pacientes con comorbilidades.