Introducción: El trasplante de progenitores hematopoyéticos (TPH) es la mejor estrategia de consolidación en el manejo de pacientes con neoplasias hematolinfoides y algunas enfermedades autoinmunes. Aunque estudios previos reportan que el TPH se asocia a alteraciones endocrinas, definir la incidencia de trastornos tiroideos e hipogonadismo en nuestro entorno permitirá plantear ajustes al régimen de acondicionamiento y seguimiento post TPH. Materiales y métodos: Se realizó un análisis secundario de una base de datos de pacientes mayores de 18 años sometidos a TPH (2009-2019), sin enfermedad tiroidea o hipogonadismo. Además de la extracción de variables clínicas, se hizo un análisis pre y post trasplante (1y 3 años) de los niveles de FSH, testosterona, TSH y T4L. Se estimó la incidencia general y entre subgrupos según la intensidad del régimen de acondicionamiento y otras variables sociodemográficas, clínicas y relacionadas al TPH. Resultados: Encontramos una incidencia acumulada de hipotiroidismo a 1 y 3 años posterior al trasplante del 18 % y 40.3 % respectivamente; mientras que la incidencia de hipertiroidismo a 1 y 3 años pos TPH fue del 6.6 % y 12.8 % correspondientemente. Con respecto a la función gonadal se documentó una incidencia de hipogonadismo masculino a 1 año del 28.6 % usando punto de corte de testosterona menor a 300 ng/dl y una incidencia de insuficiencia ovárica temprana en este mismo período de seguimiento del 62.5 %. El 70.9 % de los TPH fueron autólogos y no se encontró asociación entre el empleo de regímenes de acondicionamiento mieloablativos y la incidencia de trastornos de la función tiroidea o hipogonadismo. Se documentó el nivel normal-alto de TSH (2.5-4.2 mU/L) pre trasplante como un factor asociado con mayor riesgo de desarrollar hipotiroidismo en el período pos TPH. Conclusiones: La alta incidencia de los trastornos de la función tiroidea y gonadal en pacientes llevados a TPH, hace necesario la búsqueda sistemática de dichos trastornos mediante un seguimiento clínico y bioquímico adecuado. La fisiopatología compleja de los trastornos endocrinos asociados al TPH plantea la necesidad de estudios subsiguientes que contribuyan a dilucidar mejor este proceso y con ello mejorar las estrategias de prevención y diagnóstico temprano.