El presente trabajo de investigación tiene como propósito la modelación matemática del proceso de digestión anaerobia de dos reacciones en el software Matlab, utilizado para describir el comportamiento del proceso en reactores completamente agitados, el cual fue adaptado para un reactor tipo pistón, que simula el comportamiento de un biodigestor. Esto se logró dividiendo el biodigestor en 3, 5 y 7 sub-reactores completamente agitados conectados en serie. La calibración y validación del modelo fue realizada con datos experimentales tomados desde la literatura, en el que se mostraba el desempeño de dos biodigestores con diferentes sustratos (aguas residuales de estiércol de vacas lecheras y estiércol porcino). Finalmente, los resultados determinados por correlación, muestran un ajuste del modelo entre medio y alto, ya que dependen de la calidad de los datos experimentales utilizados. Además, se considera que el modelo representativo de este tipo de tecnología pues ser suficiente con una división 3 sub-reactores, minimizando el número de parámetros que deben ser identificados en el modelo.