Los embalses satisfacen necesidades humanas modernas, pero pueden provocar cambios en el paisaje (ej, fragmentación y pérdida de hábitats). La construcción de embalses ha aumentado en todo el mundo estableciéndose en mayor medida en países en desarrollo y con alta biodiversidad. Sin embargo, muchos estudios no son concluyentes sobre los efectos de los embalses en la biodiversidad, concretamente en los grupos de vertebrados terrestres y acuáticos a diferentes escalas temporales. Por lo tanto, el objetivo de este trabajo fue: 1) examinar los efectos y los determinantes de los cambios en la biodiversidad global generados por los embalses sobre la fauna de vertebrados terrestres y acuáticos, y 2) evaluar los efectos a largo plazo de un embalse sobre las comunidades de aves en los Andes Tropicales colombianos. En primer lugar, realizamos un metaanálisis basado en 120 estudios de caso obtenidos a partir de 1662 artículos arrojados de la búsqueda bibliográfica sobre riqueza y abundancia de aves, mamíferos, peces, anfibios y reptiles. Posteriormente, evaluamos los cambios en la riqueza y composición de especies en cuatro periodos consecutivos tras 20 años de seguimiento de la avifauna del embalse Amani / Caldas. En un contraste general, los embalses tuvieron un efecto negativo sobre la riqueza de vertebrados, siendo las aves y los mamíferos los que presentaron los efectos más negativos debido a la fragmentación generada por los embalses. En el estudio a largo plazo, encontramos tras 11 años del establecimiento del embalse un aumento de la riqueza de especies de aves del 42%, seguida por eventos de recolonización (184 especies) y extinción local (47 especies) ligados al recambio de especies. Los cambios observados en la comunidad de aves pueden explicarse por la sucesión secundaria, transformación de la cubierta vegetal, la protección de los bosques y los programas de restauración centrados en la conservación de la biodiversidad. Consideramos pertinente considerar la implementación de embalses en zonas con menor impacto sobre la biodiversidad y el muestreo sistemático de aves a largo plazo como clave para comprender la dinámica de la biodiversidad y la eficacia de las acciones de conservación.