El desarrollo de nuevas estrategias para reducir el uso de antibióticos tradicionales ha sido un tema de interés mundial, debido a la resistencia que generan microorganismos multirresistentes, entre ellos E. coli, como agentes etiológicos de diversas enfermedades. Los péptidos antimicrobianos se presentan como una alternativa para el tratamiento de enfermedades infecciosas causadas por este tipo de microorganismos. Los péptidos Ib-M cumplen con las características para ser empleados como compuestos antimicrobianos, sin embargo, es necesario utilizar estrategias que generen protección y resistan las condiciones a las que se expone en un sistema biológico. Por lo tanto, en este estudio se realizó la síntesis de nanopartículas de Alginato y Quitosan (Nps Alg-Chi) mediante la técnica de gelificación iónica para inmovilizar los péptidos Ib-M y formar los bioconjugado Ib-M/Alg-Chi. Las características estructurales de las nanopartículas se determinaron mediante SEM, DLS y FT-IR. Se evaluó la actividad biológica contra E. coli ATCC 25922 y células de mamífero Vero, y la estabilidad a temperatura, pH y proteasas de los Ib-M e Ib-M/Alg-Chi. Los resultados mostraron aglomerados de nanopartículas con tamaños promedio de 150nm; la CMI determinada correspondió a 12,5μM en el Ib-M1 y 25μM para el Ib-M2 e Ib-M6, las cuales se mantuvieron en el bioconjugado, y la citotoxicidad con valores cercanos al 40%. La estabilidad se mantuvo frente al pH y a temperatura y en proteasas solo se evidenció frente a pepsina en Ib-M/Alg-Chi. Los resultados son prometedores para utilizar los Ib-M e Ib-M/Alg-Chi como posibles agentes antimicrobianos.