En esta investigación, se comparó la eficiencia en la conversión de los ácidos grasos, presentes en el aceite de sacha inchi, a metil ésteres aplicando dos métodos de transesterificación y posterior cuantificación por cromatografía de gases con detector FID (GC-FID); se aplicó un método de referencia descrito en la Norma Técnica Colombina NTC-4967 y otro enzimático, mediante el uso de una lipasa comercial de Candida rugosa, que ha sido estudiada para la producción de biodiesel a partir de ácidos grasos libres. Con la validación estadística de los métodos se establecieron las ventajas del método enzimático, dentro de las que se destaca el tiempo de reacción de 1h para la transformación de Triacil glicéridos en ésteres metílicos de ácidos grasos (FAMEs), estimados a partir, de la comparación de la eficiencia de la conversión para los ácidos grasos C16:0, C18:0, C18:1, C18:2, C18:3 y C20:0. Adicionalmente, se evaluó la concentración de enzima y solvente para definir las condiciones óptimas que permitieron alcanzar la máxima velocidad de conversión, obteniendo unas relaciones metanol/aceite de 1:1 y enzima/aceite de 0,01:1, estos resultados se establecieron aplicando un diseño de superficie de respuesta procesado en el software STATGRAPHICS® Centuriun XVI, en el que se usaron como variables independientes las relaciones metanol/aceite, enzima/aceite y tiempo de reacción.