Se realizó un estudio de esporas fúngicas en la zona urbana de la ciudad de Florencia-Caquetá (Colombia), en el periodo comprendido desde septiembre de 2007 hasta agosto del año 2008. El muestreo se realizó con un captador de esporas portátil (Burkard Personal Culture), que permite la incorporación de una caja de petri con medio de cultivo (MEA). La periocidad del muestreo fue mensual y se realizó en 80 estaciones. Se registro un total de 351.070 ufc/m3 en el año de muestreo de esta amplia investigación. La mayor concentración de propágulos fúngicos viables se obtuvo en los primeros 6 meses de muestreo desde septiembre hasta febrero (época seca). Enero fue el mes que alcanzó la mayor concentración 43.810 ufc/m3, mientras que agosto presentó la menor concentración de propágulos con 17.050 ufc/m3. Del muestreo total y técnica aplicada se identificaron 54 taxa (tipos fúngicos), pertenecientes a 20 géneros, y 4 morfotipos. Los géneros de hongos más frecuentes en la ciudad de Florencia fueron Aspergillus con 16 especies, seguido de Penicillium con 10 especies, Fusarium con 3 especies, Alternaria, Trichoderma, Curvularia y Acremonium con dos especies. Además se analizó la influencia de los parámetros meteorológicos sobre las concentraciones de ufc/m3 y los diferentes géneros/taxa. Las correlaciones resultantes muestran una asociación positiva con la temperatura media y las horas de sol, y negativa con la humedad relativa y las precipitaciones.