El estudio tuvo como objetivo caracterizar macroscópica y microscópicamente lesiones y patrones neumónicos del sistema respiratorio del cuy en sistemas de producción en el Municipio de Pasto - Colombia, así como establecer posibles factores de riesgo asociados a la presentación de neumonías en el cuy. Para esto, se realizó un estudio de corte transversal de gazapos de 3 semanas de edad provenientes de una muestra representativa de la población cuyícola. Se realizó la necropsia y evaluación histopatológica de la cavidad nasal, vías respiratorias altas y pulmón mediante la técnica de inclusión de parafina y coloración de Hematoxilina y Eosina. Adicionalmente, se empleó un instrumento de recolección de información en cada una de las granjas de donde provenían los animales para determinar factores demográficos, productivos y sanitarios. En los animales incluidos en el estudio, se evidenciaron lesiones en cavidad nasal y vías respiratorias en un porcentaje menor al 5%. En el parénquima funcional pulmonar se observaron lesiones en el 73.3% de los animales. La neumonía intersticial linfocítica fue el hallazgo más común – 36.6% (n= 99), seguido de la neumonía intersticial linfohistiocítica – 21.4% (n= 58) y la neumonía multifocal granulomatosa – 3.7% (n= 10). Se identificaron animales con concurrencia de dos patrones morfológicos de lesión en el mismo tejido. No se encontraron en los animales de estudio patrones neumónicos broncointersticiales. Se evidencia que la mayoría de los patrones neumónicos tienen una puerta de entrada sistémica de probable causa multifactorial lo que resalta la necesidad de realizar nuevos estudios para tener una comprensión más detallada de las diferentes etiologías causantes de neumonías en cuyes. A su vez, Se estableció como la zona geográfica que corresponde a los corregimientos de La Caldera, Genoy, Mapachico y la zona que representada por los corregimientos de San Fernando, Mocondino, Jamondino Jongovito y Catambuco como la de mayor proporción de animales con neumonía; a su vez, los corregimientos del El Socorro y El Encano presentaron una proporción de neumonías en cuyes mayor al 79% de animales afectados del total de animales muestreados en cada corregimiento. Finalmente, se evidenció en la población de estudio que las granjas con un número total de animales mayor a 100 individuos (OR 2.12; IC 95% 1.08 – 4.16) tuvieron mayor probabilidad de ocurrencia de neumonías en comparación a granjas con un número total de animales menor a 40. Se observó que la probabilidad de ocurrencia de neumonía aumentó a medida que la densidad de animales por jaula aumentaba, en comparación con una cantidad de animales por jaula menor a 5 cuyes. El estudio identificó que la implementación de medidas de bioseguridad se asoció con una reducción de los casos de neumonía. Específicamente, el lavado (OR 0.18; IC 95% 0.06 – 0.52) y desinfección de las instalaciones pecuarias (OR 0.46; IC 95% 0.23 – 0.92), además el Odds de neumonía fue menor (OR 0.04; IC 95% 0.05 – 0.43) en granjas localizadas a una altitud de 2200 a 2600 m.s.n.m. Estos hallazgos permiten concluir que la neumonía es una patología importante en cuyes de 3 semanas para la mayoría de las granjas en el municipio de Pasto, lo cual podría representar en posibles pérdidas económicas para los productores; por consiguiente, resalta la necesidad de desarrollar investigaciones que permitan determinar la causalidad y temporalidad de los factores de riesgo implicados en la enfermedad respiratoria del cuy (Texto tomado de la fuente).