Objetivos: Determinar la asociación entre el pobre control de la infección por virus de inmunodeficiencia humana (VIH) en los últimos 2 años y la alteración en atención y funciones ejecutivas en niños. Métodos: Se realizó un estudio analítico de cohorte retrospectiva. Entre noviembre 2011 a diciembre del 2012, se realizo revisión de historias clínicas, evaluación neurológica y neuropsicología con una batería de pruebas seleccionadas, previo consentimiento y asentimiento informado. Resultados: Se capto 42 individuos menores de 18 años con confirmación de la infección por VIH, de los cuales cumplieron criterios de inclusión 30 individuos. 26 (86,6%) individuos tuvieron control de infección por VIH. Con edad promedio 10,2 años (6-16 años), 60% hombres, 76,6% con escolaridad primaria. La mayor proporción de alteraciones se encontraron en atención sostenida en un 26,7%, habilidades conceptuales en 16,7%, flexibilidad cognitiva en 33,3% y en planificación y organización en 13,3%. El análisis factorial encontró los siguientes tres factores relacionados en esta población: fluidez verbal/Abstracción, Categorización/atención dividida y planificación y organización que explicaron el 65,04 % de la varianza. No se encontró asociación estadísticamente significativa del control de infección por VIH en los últimos 2 años con la evaluación de atención y funciones ejecutivas [atención dividida RR 1,5 (IC 95% 0,11-20,2; p=0,61); habilidades conceptuales RR 1,8 (IC 95% 0,27-22,3; p= 0,53) y flexibilidad cognitiva RR 2,2 (IC 95% 0,2 -18,9; p=0,41)]. La baja calidad de vida relacionada con la enfermedad presento un mayor riesgo relativo en todas las áreas de atención y funciones ejecutivas, sin ser estadísticamente significativo. Conclusiones: No se encontró asociación significativamente estadística entre la alteración de atención y funciones ejecutivas con al pobre control de infección. El tamaño muestral fue la principal dificultad.