La Encefalopatía y retinopatía vírica, es una enfermedad viral, se caracteriza por anormalidades neurológicas, tales como la natación errática (en espiral, en remolino o con el vientre hacia arriba en posición de descanso), pérdida de apetito, letargia y la vacuolización de los tejidos nerviosos centrales, tiene una amplia distribución geográfica específicamente en climas tropicales y templados, esto afecta a más de cuarenta especies de peces marinos, causando daños económicos significativos a la industria acuícola. El objetivo del presente trabajo fue estandarizar un protocolo de RT-PCR para el diagnóstico de la Encefalopatía y Retinopatía Vírica, a partir de tejidos como retina, cerebro y contenido gonadal en diferentes estadios de la cobia (Rachycentron canadum) y reproductores de mero guasa . Se analizaron 11 pooles de 5 ejemplares de cobia (Rachycentron canadum), provenientes de CENIACUA y Antillanas C.I, además cuatro reproductores de mero guasa (Epinephelus itajara) provenientes del CEINER, donde se tomaron las muestras con base en comportamientos no propios de la especie, estas se homogenizaron de acuerdo a su estadio y tejido posteriormente conservándolas en RNAlater a -20°C, a excepción de los meros que se encontraban fijados en alcohol absoluto y se analizaron de forma individual. Se utilizó el Mini Kit RNeasy de Qiagen, para estandarizar el protocolo de extracción de ARN, mediante cebadores del gen β-actina, el cual fue utilizado como control interno para verificar la calidad de la extracción de los ácidos nucleicos, utilizando estos cebadores para la amplificación por medio de PCR se obtuvo un fragmento correspondiente a 422 pb (pares de bases), para cada una de las muestras a excepción del pool # 9, además se logró optimizar la temperatura de alineación por medio de un gradiente, obteniendo como resultado 61,4°C en la temperatura optima para el anillaje de los primers. El diagnóstico del virus se hizo mediante la estandarización de un protocolo de RT-PCR a partir de las secuencias reportadas en el Centro Nacional para Información Biotecnológica (NCBI), donde se seleccionó una secuencia conservada del fragmento RNA1 (FJ789783.1), se diseñaron dos cebadores denominados F1 y F2 estas se amplificaron las muestras con una 17 temperatura de alineación a 55°C; en las muestras analizadas no se observo la presencia de una banda de amplificación que correspondiera con el peso molecular esperado , (F1) 322 pb y (F2) 340 pb, también se probaron otras secciones del fragmento RNA2 de la región T4 diseñados por Thiery et al.,(1999) propuestos por la OIE (2006) con una temperatura de anillaje a 58°C, en donde no se observó amplificación de los cebadores externos e internos de 420 pb y 292 pb respectivamente en las muestras analizadas, en los controles positivos se observo la presencia de la respectiva banda de amplificación, con estos datos se pudo determinar la ausencia del virus en las muestras analizadas, finalmente se implementó un protocolo de PCR anidada, con el fin de aumentar la especificidad y sensibilidad de la técnica usando los cebadores diseñados para la amplificación del fragmento RNA 1 y RNA 2. En conclusión se logró estandarizar el protocolo de RT-PCR para el VER con diferentes ensayos y ajustes en la temperatura de anillamiento para cada uno de los cebadores lo cual nos permitió realizar el screning de las poblaciones de peces en cultivos marinos y poder determinar la presencia del virus a partir de tejidos de retina, cerebro y contenido gonadal.