En mayo de 1316, Pablo Morillo, jefe expedicionario de las tropas españolas, se instaló en Santafé e implantó el aparato de castigo -El Consejo Permanente de Guerra, la Junta de Secuestros y la Junta de Purificación-, instituciones encargadas de los juicios, procesos y condenadas que fueron aplicadas a los notables criollos participantes en los procesos revolucionarios de la Primera República entre 1810 y 1816. El Consejo Permanente de Guerra dictó sentencia de muerte contra los patriotas revolucionarios; la Junta de Purificación juzgó a los patriotas cuyo comprometimiento con la revolución era menor; y la Junta de Secuestros se encargó de embargar los bienes de los comprometidos en el delito de rebeldía. Estos castigos eran impuestos con el fin de reparar el que se había hecho al rey, provocado por el desorden creado a partir de las insurrecciones independentistas. Además, el aparato de castigo en su conjunto también tenía la función de financiar la empresa reconquistadora a través de los embargos y pago de multas.