Los estuarios son reconocidos a nivel mundial por su importancia ecológica, alta biodiversidad y al mismo tiempo vulnerabilidad. En este trabajo se determinó la influencia de las variaciones ambientales en la estructura macrobentónica y su relación con el flujo de mercurio en el estuario Bahía de Buenaventura. Las muestras de los organismos se obtuvieron usando una draga van Veen (0.04 m2), se tamizaron in situ con un tamiz de 500 µm y se fijaron. Los sedimentos fueron colectados mediante un corer (0.01 m2) para análisis granulométrico y de materia orgánica; también se midieron las variables fisicoquímicas de la columna de agua mediante una sonda multiparamétrica, todas las muestras se obtuvieron por triplicado. Se identificaron 2319 individuos, 31 familias de poliquetos (73.7%), 12 de crustáceos (17.7%), 4 de moluscos (7%) y 2 de equinodermos (1.5%). La abundancia media de poliquetos fue de 891±494ind/m2, las familias más influyentes fueron Maldanidae, Capitellidae y Cossuridae. Se observó mayor dominancia en las estaciones internas (ER y EI) y en las épocas de mayor lluvia, la riqueza de poliquetos fue influenciada positivamente por la salinidad y negativamente por materia orgánica. Los niveles de HgT en sedimentos fueron mayores en las épocas de mayor lluvia y en las estaciones internas, patrón similar presentaron las concentraciones en poliquetos. Los poliquetos acumularon activamente durante este estudio, mientras que los moluscos acumularon en la estación marina y en la época de menor lluvia. En el estuario bahía de Buenaventura la comunidad de poliquetos se ve favorecida en las condiciones marinas, lo que podría responder principalmente a la oferta de alimentos y estabilidad en las condiciones ambientales y menor presencia del mercurio.