Esta investigación busca aislar y caracterizar genes (representados en secuencias de ADNc) en variedades de caña de azúcar, asociados con tolerancia al estrés causado por el déficit hídrico y/o anegamiento de los campos. Con esta información se busca implementar estrategias de mejoramiento basadas en biotecnología. Para este propósito, se seleccionaron dos variedades (una tolerante y una susceptible) en el caso del déficit hídrico y dos variedades (una tolerante y una susceptible) en el caso de exceso hídrico. Cada una de estas variedades se mantuvo bajo condiciones de estrés (niveles medio o severo) por déficit de agua o por anegamiento para inducir la expresión de los ARNm de interés. Para cada una de estas variedades se crearon tres librería de ADNc a partir de tejido foliar (un total de 12), las cuales se secuenciaron usando metodologías de secuenciación de segunda generación (Illumina). A partir de un análisis parcial de estas librerías se han identificado cientos de genes que muestran expresión diferencial y que están siendo analizados para obtener posibles candidatos para ser usados en procesos de transformación genética o de búsqueda de marcadores moleculares para selección de variedades.