El estudio analiza la acción del pulso de inundación y el grado de conexión como estructurador de los componentes bióticos y abióticos de sistemas de la planicie de inundación del río Amazonas. Se estudiaron variables físicas, químicas y la estructura y dinámica del fitoplancton a través de la escala temporal y espacial en ríos y lagos del sector de estudio. Se visitan 20 lagos y cinco sistemas lóticos en dos momentos, aguas bajas y en ascenso. Un total de 15 variables fueron analizadas en cada ambiente. El fitoplancton se recolectó con red de 24 µm y muestra integrada de tres profundidades (sup, DS y 3DS) para el estudio cuantitativo. Con esta información se conoció la composición, abundancia relativa, diversidad y morfología a partir de los grupos funcionales del fitoplancton. En aguas bajas, por su aislamiento, cada sistema presenta condiciones diferentes al río Amazonas; en general se observa un aumento de la conductividad, NO3, NH4, SiO2 y Clorofila-a. En aguas en ascenso el río Amazonas ingresa a los lagos más cercanos generando aumento de la profundidad, pH y oxígeno disuelto, pero disminución de la conductividad, la temperatura y condición trófica de α Mesotrófico (medida por clorofila-a). En aguas bajas se reconocieron 195 morfoespecies con abundancia de 404.347 Ind.l-1 y biovolumen de 116.829 mm3.l-1 siendo Peridiniopsis sp la morfoespecie que presentó la mayor contribución (5.859 en aguas bajas) en los lagos del Parque Amacayacu. En aguas en ascenso se registraron 192 morfoespecies con abundancia de 1.184.325 Ind.l-1 y biovolumen de 516.227 mm3.l-1, con Pinnularia sp1 (30%) seguido por Peridiniopsis (25,4%) del biovolumen total registrado. Los menores valores siempre correspondieron a sistemas lóticos. Además, en los dos períodos las clases predominantes en la mayoría de los ecosistemas fueron Euglenophyceae y Bacillariophyceae en los ambientes más cercanos al río Amazonas. Al clasificar los organismos encontrados de acuerdo al MBFG (Morphology Based Funtional Group), se observa el predominio del grupo V (organismos unicelulares flagelados de mediano a gran tamaño) seguido del grupo VI (organismos no flagelados con exoesqueleto silíceo).