Se evaluó la estructura (composición, abundancia, riqueza, diversidad, equitabilidad y dominancia) y relación con factores abióticos (temperatura, salinidad y transparencia) de la comunidad fitoplanctónica costera en Cabo Marzo y Punta Cruces, localidades ubicadas en el sector nororiental del Pacífico colombiano. Estas localidades han sido identificadas como sitios potenciales para el establecimiento de un área marino-costero de manejo especial. En total se identificaron 86 especies de fitoplancton en Cabo Marzo (51 diatomeas, 30 dinoflagelados, 3 cianófitas y 2 silicoflagelados) y 112 especies en Punta Cruces (62 diatomeas, 42 dinoflagelados, 5 cianófitas y 3 silicoflagelados), siendo el grado de disimilitud entre las comunidades del 41.55% (índice de disimilitud Bray-Curtis). No se detectaron diferencias significativas para la densidad entre ambas localidades (t16; 0.05 = 1.80; p = 0.091), siendo Chaetaceros laevis la especie dominante en Cabo Marzo, y Ceratium fusus y C. furca las especies dominantes en Punta Cruces. Al evaluar el grado de correlación entre la comunidad fitoplanctónica y las condiciones abióticas evaluadas, se detectó que la salinidad fue la variable de mayor efecto en la zona de estudio (ρs = 0.41). Los resultados de esta investigación presentan una limitada aplicabilidad temporal y geográfica, sin embargo proporcionan información necesaria y novedosa sobre las características generales de la comunidad fitoplanctónica costera en uno de los sectores menos estudiados del Pacífico colombiano.