El conocimiento tradicional posee un papel fundamental en el estudio, cuidado y conservación de los ecosistemas. La CVC es la autoridad ambiental encargada de monitorear la calidad del agua del río Cauca mediante parámetros fisicoquímicos y microbiológicos en meses y días puntuales, proceso riguroso en extensión, pero cuestionable frente a la frecuencia y sesgo que pueden tener estos datos con las múltiples variaciones de la calidad del agua y las afectaciones en los usos. El presente documento se postula como un estudio exploratorio para realizar la valoración de los cambios en la actividad pesquera en dos sectores del río Cauca; Paso de la Bolsa y Mediacanoa. La metodología de investigación es de tipo descriptiva con enfoque ecológico que integra métodos cualitativos desarrollados desde el estudio etnográfico donde se resalta el saber local de los cambios de la pesca y el reconocimiento de fenómenos naturales y antrópicos en una línea de tiempo de 30 años, y cuantitativos desde el histórico de parámetros fisicoquímicos entre 1990 a 2019 brindado por la autoridad ambiental. Esta información fue relacionada con el análisis multivariado mediante el empleo de la herramienta Rstudio. También, se aplicó el método Delphi para triangular la información y generar recomendaciones desde el concepto de expertos. Los resultados de esta investigación revelan que la calidad del agua del río Cauca está en un proceso de deterioro paulatino, que impacta a los ecosistemas relacionados a diferentes escalas afectando la oferta de servicios ecosistémicos de abastecimiento como la pesca. De este modo, la pesca es poco rentable y comienza a ser olvidada por los jóvenes, lo cual pone en riesgo los saberes tradicionales y el patrimonio biocultural de las comunidades ribereñas. Se hace hincapié a la necesidad de revaluar la medición de parámetros clásicos de contaminación, así como también en la inclusión de aspectos sociales de forma orgánica, al incorporar la opinión y participación de las comunidades.