En los sistemas de educación superior (SES), conceptos de calidad y eficiencia son condiciones legitimadoras que generan la capacidad de aprovechar recursos para obtener los mejores resultados posibles. Estos conceptos provienen del management y su aplicación en los SES presenta complejidad y controversia. De otro lado, se han desarrollado modelos para medir la eficiencia en SES enfocados en herramientas estadísticas. Por ejemplo, Daraio (2019) incluye medidas de calidad relacionadas con indicadores cienciométricos y escalafones, ampliando discusiones sobre la relación entre eficiencia y calidad. Sin embargo, estos modelos no incluyen medidas de calidad como mediadores y fines explicados a través de teorías organizacionales como la Visión Basada en Recursos (RBV) y el institucionalismo organizacional. Proponemos una extensión del modelo doble condicional (Daraio, 2021), utilizando el caso colombiano para mostrar cómo las universidades difieren en la combinación de recursos para generar diferentes niveles de eficiencia en un entorno institucional que presiona por la calidad y el isomorfismo. Existe una relación inversa entre calidad y eficiencia en formación y directa en investigación. Es necesario crear políticas que, al incluir variables de calidad como mediadoras, generen efectos positivos en el proceso productivo y que conlleven a relaciones directas entre eficiencia y calidad como fin.