El cultivo de maracuyá es de gran importancia económica en la región del Valle del Cauca y es necesario mantener la calidad en la preservación y conservación de esta especie frutal desde su propagación y mantenimiento, pero por medio de las afectaciones por plagas y enfermedades su producción puede variar en cada ciclo vegetativo, es por eso que este trabajo tuvo como objetivo la evaluación de protocolos de desinfección y la reproducción de plantas madres con semillas y esquejes de Passiflora edulis var. flavicarpa (maracuyá amarillo) para propagación in vitro y almacigo en vivero. La selección de plantas madre se realizó por medio de la propagación de semillas desinfectadas con un tratamiento de hipoclorito de sodio al 3% por 5 minutos los resultados de cada variable con 128 semillas convencionales (conv) y 128 semillas comerciales (comr) con una germinación de 111 (conv) a 118 (comr) plántulas, una supervivencia de 67 (conv) a 85 (comr) plantas y una viabilidad de 65 (conv) a 80 (comr) plantas viables. Los resultados en los protocolos de desinfección con el tratamiento de hipoclorito de sodio al 5% por 5 minutos en semillas evaluadas en in vitro fue del 80% y en almacigo de 100% de efectividad, con hipoclorito de sodio al 3% por 5 minutos en in vitro fue nulo el tratamiento y en almacigo fue del 90%, con yodo al 5% en in vitro fue del 30% y en almacigo de 100% y con yodo al 3% en in vitro fue nulo y en almacigo fue del 80%. Para los esquejes in vitro y en almacigo la efectividad del tratamiento con hipoclorito de sodio al 5% fue del 20%, al 3% con hipoclorito de sodio, con yodo al 5% y al 3% los tratamientos fueron nulos se contaminaron los esquejes testigos no se contaminaron y fueron los que presentaron germinación por medio del enraizamiento. Se establecieron plantas madre de buena calidad para la multiplicación clonal y los protocolos de desinfección utilizados sirvieron para determinar la importancia de la desinfección para la inocuidad frente a patógenos existentes en maracuyá y la afectación en la germinación.