RESUMEN: La presente investigación expone el análisis del proceso de configuración de la enseñanza de las Ciencias Naturales en la escuela primaria colombiana durante la primera mitad del siglo XX. La perspectiva metodológica utilizada fue el estudio histórico pedagógico conceptualizado por el Grupo de Historia de la Práctica Pedagógica. De modo que, se hizo uso de algunas orientaciones del enfoque arqueológico para dar cuenta de las condiciones de posibilidad que permitieron su emergencia como saber escolar y la descripción de su enseñanza. Resultados que permitieron esbozar dos matrices sobre su devenir. La primera, comprendida entre 1903 a 1930, la cual se caracterizó por su anarquía, dispersión y fragmentación de la apropiación del conocimiento científico, lo que conllevó a la aparición de la enseñanza de las Ciencias Naturales como una apuesta de integración y organización de dicho conocimiento al servicio de los discursos de la modernidad y el nacionalismo. Y la segunda, en donde, se institucionalizó dicha enseñanza entre el periodo de 1930 a 1945, como producto de la apropiación de las orientaciones pedagógicas de la Enseñanza Activa, que implicó un tránsito en la comprensión de la naturaleza desde el empirismo hasta la experimentación. En conclusión, esta historia de la enseñanza de las Ciencias Naturales permitió el reconocimiento de la producción del saber pedagógico en la escuela, comprendiéndola como práctica cultural, de manera que, resignifica su autonomía en el campo de la educación y pedagogía.