RESUMEN: Introducción: el tratamiento utilizado en malaria no complicada por Plasmodium falciparum en Colombia es Artemeter+lumefantrina, sin embargo, este puede dejar en circulación gametocitos responsables de la transmisión. La Organización Mundial de la Salud recomienda el uso de una dosis única de primaquina (PQ) para eliminarlos. Esta estrategia fue adoptada en Colombia desde el 2011 pero se desconoce cómo ha sido su implementación y las barreras y facilitadores implicados. Métodos: se realizó un estudio de métodos mixtos en los departamentos de Chocó y Nariño. Se describió el uso de PQ analizando los datos del Sistema de Vigilancia de Salud Pública de 2008-2018 y se determinó el cambio de nivel y de pendiente en la incidencia de malaria por P. falciparum antes y después del inicio del uso de la PQ. Se identificaron barreras y facilitadores para la prescripción de la PQ desde la perspectiva de los actores del programa de malaria y del personal de salud, aplicando una encuesta y realizando entrevistas semiestructuradas. Información cuantitativa y cualitativa fue triangulada. Resultados: la PQ se usa en Colombia como quimioterapia bloqueadora de la transmisión en Nariño con un promedio de uso del 45,55% entre 2015 y 2018. Se evidenció heterogeneidad en la prescripción entre los municipios endémicos, y no utilización en Chocó. No se observó una reducción inmediata en la incidencia ni en su pendiente después del inicio del uso de la PQ en Nariño (β=1,76; IC 95% 1,23 – 2,5 y, β=1,03; IC 95% 1,01 – 1,05 respectivamente). Las barreras identificadas fueron la falta de claridad de la recomendación en la guía nacional, la rotación del personal y la no idoneidad del mismo, la falta de capacitación, material informativo, promoción del uso de PQ y deficiencias en el sistema de notificación. Como facilitadores, la percepción de la importancia y pertinencia de la recomendación, el compromiso para la atención del paciente, y el uso de una aplicación móvil para guiar la prescripción de antimaláricos. Conclusiones: en los dos departamentos con mayor frecuencia de malaria por P. falciparum en Colombia no se evidenció uso sostenido de PQ como gametocitocida en el periodo 2013-2018. La implementación de esta estrategia en el país requiere superar barreras de la guía de atención y del personal de salud, además, contemplar la medición de su efecto a nivel comunitario. Palabras clave: Plasmodium falciparum, artemeter-lumenfatrina, gametocitos, primaquina, implementación, bloqueo de la transmisión, barreras y facilitadores.