RESUMEN: Los macroinvertebrados acuáticos son organismos idóneos para valorar el estado ecológico de sistemas fluviales y se ha evidenciado que no solo responden a las alteraciones de la calidad del agua, sino a la dinámica de los caudales. El objetivo de esta investigación fue determinar las variaciones en el ensamblaje de macroinvertebrados acuáticos ante alteraciones de caudal por captación de agua en los ríos Cocorná, San Lorenzo y la quebrada Guarinó, Antioquia-Colombia. En tal sentido, se realizaron cuatro muestreos añas de muestreo en noviembre de 2018, febrero, marzo y mayo de 2019, correspondientes a épocas de lluvia, seca, transición y lluvia. Se midieron variables físico-químicas in situ y se tomaron muestras para el análisis en laboratorio. Se seleccionaron 20 microhábitats por cada campaña y por cada sitio. En cada uno de ellos se tomaron medidas de profundidad, velocidad de la corriente y se caracterizó el tipo de sustrato. Los macroinvertebrados fueron colectados con una Red tipo Surber. Para el análisis de los datos se utilizaron los softwares Biodiversity Pro, Statgraphics, Excel y PHABSIM, con los cuales se realizaron métricas de diversidad, análisis de la correlación de la varianza (ACV), curvas de idoneidad y modelación hidrobiológica, respectivamente. Se colectó un total de 4623 individuos, donde el 48,8% se concentró en San Lorenzo, el 30,5% en Guarinó y el 20,7% restante en Cocorná. Los ACV mostraron que la época de muestreo fue el factor que influyó mayormente en la varianza de las variables físico-químicas, sin embargo, en la mayoría de las variables no hubo diferencias significativas. Los macroinvertebrados acuáticos tuvieron preferencias por la velocidad de la corriente entre 0,8 y 1,2 m/s, la profundidad entre 1 y 1,4 m y el sustrato de piedras pequeñas, piedras grandes y rocas. La modelación hidrobiológica determinó que la extracción del agua genera diversos efectos, que van desde la pérdida de hábitat hasta cambios en las zonas que actualmente son las más aptas. Se concluye que estos resultados pueden orientar la toma de decisiones en cuanto a la estimación de caudales ambientales, y se recomienda, por tanto, regular la captación de acuerdo con la época del año.