El zooplancton gelatinoso (phyla Cnidaria, Ctenophora, Chaetognatha y Chordata) es un grupo funcional de organismos planctónicos, de tejidos frágiles y viscosos, compuestos principalmente por agua. Este grupo presenta una importancia ecológica en las redes tróficas, la columna de agua, las zonas oceánicas y costeras, sin embargo, ha sido pobremente estudiado debido en parte a su fragilidad y dificultad de muestreo. Para estimar la diversidad y describir la composición de este grupo, se realizaron arrastres con redes de plancton de 80 y 300 µm en tres épocas climáticas y tres zonas de muestreo, en la Ciénaga La Boquilla y el Golfo de Morrosquillo, Caribe colombiano. Además, se midió el pH, la temperatura y la salinidad. Se encontraron 786 individuos, los cuales representan nuevos registros, dos para el Caribe colombiano (Carybdea arborifera y Bythotiaridae), y el resto para la Ciénaga La Boquilla y la zona norte del Golfo de Morrosquillo. Chaetognatha fue el Phylum más abundante y Cnidaria presentó la mayor riqueza y la menor abundancia de individuos.