Blastocystis sp. (anteriormente B. hominis) es uno de los principales parasitos intestinales que afectan a humanos y animales. Se considera un complejo de varios subtipos (genotipos) y presenta morfologias multiples (vacuolar, granular, formas multivacuolar, avacuolar, ameboide y quiste) con diferentes estrategias de replicacion. Inicialmente considerado como un comensal, los actuales estudios epidemiologicos sugieren que Blastocystis es patogeno u oportunista y se asocia con una amplia gama de trastornos gastrointestinales y extraintraintestinales, pero la asociacion de los diferentes subtipos y morfologias a la patologia observada en pacientes, es aun desconocida. Blastocystis se considera un parasito ubicuo de distribucion en todo el mundo y es el patogeno mas frecuentemente aislado en las heces humanas. El uso de tecnicas moleculares ha permitido nueva informacion sobre la distribucion de los subtipos de diferentes regiones, su potencial zoonotico y las vias de transmision.