La malaria es un problema de salud publica en mas de 90 paises, habitados por un total de 2.400 millones de personas, siendo las cifras de prevalencia y mortalidad superiores a las de cualquier otra enfermedad transmisible. La estrategia propuesta en el presente trabajo incluye el cribado computacional de bases de datos y la corroboracion in vitro de la actividad predicha. El protocolo de cribado virtual disenado se inicia con los filtros drug likenes, pudiendose emplear estudios de similitud molecular. A continuacion se propone la obtencion de modelos matematicos QSAR utilizando descriptores moleculares TOMOCOMD-CARDD con la tecnica de Analisis Discriminante Lineal y se confeccionan sistemas multiclasificadores. Se realizo una validacion externa con una base de datos de 13.410 compuestos con actividad antimalarica, lograndose una exactitud en la prediccion del 91,73%. Finalmente mediante un analisis de cluster se seleccionaron compuestos segun la diversidad estructural. Utilizando el protocolo propuesto se cribaron 24.938 compuestos de diferentes colecciones seleccionandose 37 hit virtuales , que fueron evaluados in vitro frente a Plasmodium falciparum para la determinacion de su actividad. Se identificaron 12 compuestos con actividad in vitro frente a las cepas utilizadas (3D7 y Dd2), que no mostraron actividad citotoxica a la mayor concentracion evaluada (50 μM) en el ensayo de citotoxicidad inespecifica frente a macrofagos. En el test de inhibicion de la biomineralizacion de la ferriprotoporfirina IX, solo un compuesto mostro actividad significativa y dos presentaron actividad moderada. La estrategia de cribado farmacologico propuesta resulta satisfactoria para la busqueda de nuevos farmacos antimalaricos.