Los hongos son comunmente encontrados tanto en plantas como en sus productos, bien sea para uso humano o animal. Algunos de tales hongos son potencialmente peligrosos para la salud porque producen compuestos quimicos fisiologicamente activos, como alcaloides y toxinas. En Colombia no hay estudios sobre la micoflora naturalmente asociada a granos de cafe, ni sobre la presencia de especies toxigenas en dicho producto. En este estudio se tomaron muestras de 5.000 granos de cafe en diferentes estadios de su procesamiento, encontrando que taxones fungicos potencialmente toxigenos, tales como Aspergillus, Fusarium y Penicillium, son comunmente encontrados en todos los estadios del procesamiento de cafe. El estudio incluyo muestras desde el fruto en el arbol hasta cafe tostado y empacado listo para la venta en supermercados. Los resultados muestran que la distribucion de estos hongos no es al azar entre los diferentes pasos en el procesamiento del cafe, lo que significa que algunos pasos son mas vulnerables a la infeccion con hongos que otros. Se discute la conveniencia de establecer un programa dedicado a la deteccion de hongos o micotoxinas en Colombia y las implicaciones de esto en la salud publica