La disminucion del salmon en el oceano Atlantico ha enfatizado la necesidad de conocer la variacion genetica intra e interpoblacional de la especie para racionalizar su manejo en la explotacion comercial y su conservacion en el medio natrula. Sin embargo, los estudios previos realizados con loci codificantes de proteinas han revelado una variacion genetica poco informativa. Los loci microsatelites se encuentran entre las ultimas herramientas geneticas disenadas para el estudio de variabilidad y han demostrado ser altamente variables en la mayoria de las especies animales y vegetales en que se han utilizado. En este trabajo se analizaron cinco loci microsatelites ( µ-SsaF-43*, µ-StrP-15*, µ-SsaD-30*, µ-Ssa20.19* y µ-Ssa13.37* ) en tres muestras de dos poblaciones naturales situadas en el norte de Espana (rios Sella y Bidasoa). Los resultados obtenidos revelaron un elevado grado de polimorfismo en los loci analizados. Al comparar las frecuencias genicas entre las poblaciones se observaron diferencias estadisticamente significativas, encontrandose algunos alelos en baja frecuencia que pueden ser especificos de una poblacion. Por otra parte, tambien se detectaron alelos especificos en las clases analizadas pero todos en tan baja frecuencia que no definen categoricamente a cada clase en particular.