Se realizó la caracterización morfológica de 21 accesiones de Capsicum spp. Se utilizaron 50 Descriptores morfológicos del IPGRI 1995, 9 cuantitativos y 29 descriptores cualitativos, 12 se descartaron por su homogeneidad. El Diseño Experimental fue de bloques completos al azar con dos repeticiones, se realizó en el lote 4 de investigación del Servicio Nacional de Aprendizaje Centro Agropecuario de Buga Valle del Cauca, ubicado a los 3°53’21.954742” N y 76°18’46.866624”. El análisis de Frecuencias arrojó alta diversidad y varibilidad fenotipica. La variabilidad observada entre los Capsicum evaluados es de 76,96% (Análisis de Componentes Principales). El análisis de agrupamiento no permitió distinguir entre especies C. annum, C. frutescens, C. chinense. El análisis discriminante arrojó relación entre las especies de Capsicum y por tanto, mayor parecido genético entre C. chinense con C. Frutescens distando en su relación con C. annum. Se identificarón las accesiones que presentan diferencias estadísticas significativas al hacer uso de la prueba de promedios de Tukei; a través del grafico de dispersión se ubicaron los materiales que pueden presentar Valor de Importancia Económica para su conservación y ampliar de esta forma la oferta varietal del género Capsicum para el Centro Experimental de la Universidad Nacional de Colombia Sede Palmira.