La fauna subterranea obligada, asi como muchas otras especies subterraneas categoricas (troglofilos y trogloxenos), dependen en gran medida de los habitats subterraneos y, por tanto, son altamente vulnerables a las amenazas que resultan del cambio ambiental y la alteracion y degradacion del entorno. Las amenazas mencionadas varian con respecto al alcance, fuente, gravedad y el momento entre especies, regiones karsticas y continentes. Algunas amenazas, como el cambio climatico y la contaminacion de las aguas subterraneas, son de alcance global (Culver y Pipan, 2009). Sin embargo, los efectos del cambio climatico y la contaminacion de las aguas subterraneas varian a escala regional y local. Asi, tambien otro tipo de amenazas afectan poblaciones y especies subterraneas a escala local o regional, por ejemplo, actividades tales como la mineria y las canteras, la extraccion de aguas subterraneas y la recoleccion cientifica y/o amateur tiene grandes repercusiones para estos habitats. Muchos aspectos de la historia de vida son comunes para muchos troglobiontes y, en cierta medida, estan asociados con el incremento del riesgo de extincion, incluyendo bajas tasas reproductivas y limitada capacidad de dispersion. Por tanto, el rescate de la poblacion suele ser mucho mas lento y, a su vez, el riesgo de extincion resulta mucho mayor en relacion con las poblaciones de especies de superficie. Ademas, muchos troglobiontes pueden ser particularmente sensibles a pequenas fluctuaciones de variables abioticas tales como temperatura, humedad, oxigeno disuelto y concentraciones de metales pesados, entre otros. En consecuencia, cualquier perturbacion durante la hibernacion o cuando las hembras estan criando a los jovenes puede tener efectos perjudiciales de largo alcance sobre el reclutamiento y la supervivencia de las poblaciones locales. En Sur America hay al menos tres sistemas de cavernas con alta diversidad de troglobiontes, segun informan Deharveng y Bedos (2012). Del mismo modo, mas recientemente, cuatro sistemas de cuevas han sido identificados como puntos de fauna troglobitica en Brasil, estos son: el sistema de cavernas de Areias (24+ troglobiontes), el sistema de cavernas de Alambari (16 especies), la cueva de Parede Vermelha (12+ especies) y la cueva de Olhos Dagua (Trajano et al., 2016). A pesar de estos factores biologicos y de muchas amenazas documentadas y sospechadas, solo una pequena fraccion de la biodiversidad subterranea recibe alguna proteccion directa bajo la legislacion internacional, nacional o regional. En comparacion con los vertebrados, los invertebrados subterraneos y otros organismos han sido en gran medida descuidados en los estudios de conservacion, evaluaciones y decisiones politicas, esto, incluso a pesar de que su diversidad es significativamente mayor. Cabe destacar, entonces el papel de los servicios de las aguas subterraneas y los ecosistemas subterraneos, pues a veces los altos niveles de endemicidad resultan de gran beneficio para la humanidad.