El cultivo del cafe representa uno de los productos agricolas de mayor importancia en la economia de muchos paises alrededor del mundo. La transferencia e introgresion de genes de resistencia para obtener lineas mejoradas se ha llevado a cabo, a partir del uso del Hibrido de Timor el cual se ha establecido como la principal fuente de introgresion por contener genes provenientes de C. canephora los cuales confieren resistencia. En las plantas los genes R conforman la base genetica del modelo de resistencia gen por gen, la similitud en secuencias de la mayoria de estos genes ha permitido la identificacion de genes analogos en varias especies de plantas. A traves de estrategias moleculares basadas en PCR (AFLPs, AFLP-RGA, SSR, SSR-RGA y RGAs) se identificaron mas de 60 marcadores asociados al fenomeno de la introgresion y en particular 11 ligados a genes involucrados en la resistencia de la planta a patogenos, estos marcadores seran evaluados para su posible implementacion en el programa de mejoramiento genetico en una estrategia de seleccion asistida por marcadores MAS (Marker-Assited Selection)./ Abstract. Coffee is one of the most important agricultural products in the economy of many producing countries around the world. The transfer and introgression of resistance genes for breeding lines has made using the Timor Hybrid which has established itself as the main source of introgression because it contains genes from C. canephora which confer resistance. In plants R genes conform the genetic basis of resistance model gene by gene, the sequence similarity of most of these genes has allowed the identification of similar genes in several plant species. Through PCR-based molecular approaches (AFLP, AFLP-RGA, SSR, SSR-RGA and RGAs) were identified more tan 60 markers associated with the phenomenon of introgression and 11 of these linked to genes involved in plant resistance to pathogens, these markers will be evaluated for posible implementation in the breeding program on a strategy of marker-assisted selection (MAS)