En los paises desarrollados, la innovacion ha sido considerada una herramienta para mejorar sus niveles de productividad. El objetivo del presente trabajo fue analizar el comportamiento de las variables importantes de la innovacion en Mexico y Colombia en el periodo 1995-2015, en relacion a la productividad. Metodologicamente el estudio realizo un analisis del estado del arte de la innovacion en Mexico y Colombia mediante el uso de bases de datos internacionales y una contrastacion teorica y estadistica. La estadistica descriptiva y la inferencia estadistica fueron necesarias en este estudio. Los resultados muestran el estado real y los lentos progresos en terminos de innovacion de los dos paises estudiados. El documento concluye y expone el menor desempeno en innovacion de Colombia frente a Mexico, en un periodo de veintiun anos.