La bahía de Buenaventura se caracteriza por una gran dinámica espacio-temporal de las variables ambientales y de actividades antrópicas. El objetivo del presente trabajo fue contribuir al conocimiento sobre los procesos de bioacumulación de mercurio en los niveles tróficos basales en los estuarios de tropicales. Se realizaron cuatro muestreos a lo largo del año 2015, en cuatro estaciones. En cada estación se colectaron tres muestras de sedimento, variables fisicoquímicas y macroinvertebrados. Se determinó el contenido de mercurio total (T-Hg) en peso seco en sedimentos y músculo. Se recolectaron representantes de 17 especies de macroinvertebrados. En sedimentos se presentaron concentraciones desde 0.013±0.003 ppm hasta 0.137±0.016 ppm, mientras en los organismos se encontraron concentraciones de T-Hg en músculo desde 0.01±0.02 ppm hasta 0.31±0.19 ppm. Las jaibas adultas fueron los organismos con mayores niveles de T-Hg p.s. en músculo y se observaron en noviembre en EI. El pH, la salinidad y el tamaño de grano del sedimento explicaron el contenido de mercurio en sedimentos y en el músculo de los macroinvertebrados. Los resultados evidenciaron que el proceso de bioacumulación se dio activamente en todos los individuos del género Callinectes. Cuando en el estuario predominaron las condiciones de agua dulce hubo mayores valores de T-Hg p.s. tanto en sedimentos, como en músculo de las especies C. arcuatus y S. aculeata aculeata, pero en condiciones marinas, se favoreció el proceso de Bioacumulación.