Se presentan y discuten los aspectos mas importantes que inciden en el desempeno de una celda de combustible microbiana, tales como su arquitectura, la funcion microbiana y el tipo de sustratos. En la ultima decada estos sistemas bioelectroquimicos han atraido el interes de diversos investigadores, no solo por la tendencia mundial en la produccion de energia sostenible, sino tambien por su operacion simultanea para degradar materia organica y biorremediacion. Estas aplicaciones dependen esencialmente del metabolismo microbiano sobre el cual el conocimiento aun es limitado, requiriendose una mejor comprension de la compleja ecologia microbiana. En paises en desarrollo es importante estudiar otras fuentes de microorganismos y sustratos con variada composicion quimica que puedan ser potenciales combustibles en celdas de diferente configuracion. Investigar mas sobre estos aspectos sera esencial para optimizar y potenciar estos procesos.